Keakuratan deteksi cepat virus corona sangat diperlukan untuk identifikasi awal pasien yang terinfeksi. Dengan harapan dapat segera melakukan penanggulangan dan wabah tidak terus menyebar mengakibatkan jumlah pasien meningkat drastis melebihi sejarah wabah pandemi virus SARS, ebola, MERS, flu babi, dan flu burung.
Kampusdesa.or.id–Tiga bulan belakangan ini pandemi virus corona jenis baru (SARS CoV-2) banyak menyita dunia, termasuk di Indonesia. Data warga negara Indonesia positif Virus Corona atau Covid-19 seperti yang dilaporkan Tirto.id (19/03) dari tanggal 18 ke 19 Maret mengalami kenaikan tajam, yakni dari 227 kasus ke 308 kasus. Pada hari yang sama, presiden Joko Widodo (Jokowi) memimpin rapat terbatas dengan topik pembahasan laporan tim Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19 di Istana Merdeka, Kompleks Istana Kepresidenan, Jakarta. Dalam kesempatan itu, presiden jokowi menginstruksikan agar segera melakukan test massal (massive screening) kepada seorang yang terpapar Covid-19.
Seperti dikutip di berbagai media, sehari setelahnya (20/03) Presiden Jokowi mengumumkan tes cepat (rapid test) Covid-19 mulai dilakukan. Uji pertama tes secara massal ini dilakukan di Jakarta Selatan. Dengan alasan kawasan ini kali pertama ditemukan pasien positif Covid-19 seperti yang resmi dilaporkan ke publik pada tanggal 02 Maret 2020 lalu.
Upaya dari pemerintah semacam ini bagus dan penting dilakukan karena bertujuan untuk mengetahui data secara kolektif guna menganalisis tren penularan, penyebaran penyakit hingga faktor penyebabnya. Dari data tersebut, pemerintah dapat menggunakannya sebagai dasar untuk menentukan rencana kebijakan penanggulangan Covid-19. Termasuk, menakar kesiapan fasilitas pelayanan kesehatan dikaitkan dengan estimasi pasien secara cepat dan masif.
Metode pemeriksaan rapid test untuk menemukan kasus Covid-19 ini kabarnya telah diimpor dari Tiongkok sebanyak 500 ribu sampai sejuta unit test kit, yang akan dikirim secara bertahap. Nantinya, alat tersebut akan didistribusikan ke Rumah Sakit-Rumah Sakit Rujukan Penanganan Covid-19 di Indonesia. Namun, seperti dugaan saya bahwa tes massal ini baru tahap penapisan (skrining) saja. Sebagaimana yang telah dijelaskan oleh Juru Bicara Penanganan Percepatan Covid-19 Achmad Yurianto kepada Health Liputan6.com (20/3) bahwa alat rapid test ini bukan untuk deteksi atau diagnosis orang yang bersangkutan positif atau negatif Covid-19 dengan pasti.
Tingkat Keakuratan
Rapid test ini dilakukan bertujuan untuk menangani laju perkembangan wabah virus corona agar tidak meningkat tajam secara eksponensial. Namun sebenarnya seberapa sih tingkat keakuratan nya?
Seperti yang dilansir oleh website Jurnal Nature tingkat keakuratan berdasarkan waktu/periode virus dalam tubuh pasien. Mengingat di atas paparan 10 hari ketika tubuh sudah menunjukan respon atas imunoglobin IgG/IgM, rapid test baru bisa mendeteksi lebih akurat (di atas 90%). Saat pengambilan sampel di masa inkubasi, belum terbentuk antibodi atau immunocompromised. Jika masih kurang dari 10-14 hari, tidak hanya mempengaruhi sensitifitas bisa rendah, juga rentan menghasilkan false negative (negatif yang salah). Seharusnya sampel positif tapi hasilnya negatif. Apabila ditemukan hasil negatif maka harus dilakukan pengambilan sampel ulang 7-10 hari kemudian.
Di samping itu, rapid test juga bisa berpotensi false positive seumpama pasien memiliki riwayat atau mengidap komplikasi penyakit lain semisal dengue atau pernah terjangkin virus corona jenis lama. Karena bisa jadi sampel darah yang dites mengandung antibodi tertentu hasil respon imun dalam tubuh. Sehingga mengakibatkan hasil positif yang salah. Dengan kata lain tingkat spesifitas rapid test tergolong rendah atau memungkinkan adanya cross reactivity. Itu sebabnya kondisi tersebut menyulitkan interpretasi.
Meski demikian, pemeriksaan rapid test dengan metode serologi ini masih dipakai karena lebih murah dan didapatkan hasil dengan cepat. Karena, pemeriksaan ini hanya membutuhkan sampel darah pasien dan dapat dianalisis dalam waktu kurang lebih 15 menit.
Namun, dengan catatan kalau ditemukan hasil positif harus dilakukan swab (apusan) tenggorok dan dibaca menggunakan metode molekuler real time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) di 10 Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKLPP) yang tersebar di seluruh indonesia. Tahap ini hanya berlaku untuk pasien dinyatakan positif Covid-19 sebagai konfirmasi dan validasi, yang mana mesin PCR dapat memberikan hasil yang lebih akurat.
Jadi perlu diingat bahwa melalui langkah uji rapid test difungsikan untuk deteksi dini atas indikasi awal seseorang menderita Covid-19. Data yang didapat sebagai pertimbangan untuk menunjukkan paparan infeksi. Selanjutnya dapat digunakan untuk surveilans atau studi epidemiologi lebih lanjut. Oleh karena itu jangan sampai gagal paham dengan apa yang menjadi kebijakan pemerintah saat ini.
Tawaran Solusi Pengganti Rapid Test IgG/IgM Antibody
Mayoritas ahli virologi dan ilmuwan merekomendasikan tes menggunakan metode RT-PCR untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 sebagai penyebab Covid-19. Kemudian, tes dilanjutkan dengan sequencing untuk mengkonfirmasi diagnosis infeksi Corona. Mereka mengatakan rapid test hanya mengukur antibodi seseorang. Di mana antibodi tak langsung terbentuk ketika virus masuk ke dalam tubuh. Ada waktu tunggu sampai antibodi terbentuk.
Di sisi lain, belum ada penjelasan atau referensi berapa lama terbentuknya antibodi virus corona jenis baru ini di dalam tubuh. Serta berbagai rapid test tersebut belum diketahui validitasnya, antigen, dan prinsip pemeriksaan yang digunakan, variasi waktu pengambilan spesimen, limit deteksi masing-masing rapid test, interferens, berbagai kondisi yang dapat menyebabkan hasil false positive dan false negative.
Sependapat dengan Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik yang menuturkan bahwa urutan tingkat kepercayaan untuk deteksi berbagai patogen dari yang tertinggi ke terendah adalah metode kultur, molekular (DNA atau RNA), antigen, dan yang terakhir antibodi (IgM/IgG/IgA anti patogen tersebut).
Berdasarkan hal tersebut saya mencoba melakukan kajian literasi yang didukung dengan pengalaman empiris, sebenarnya apa saja cara atau metode yang dapat mengindari rapid test salah uji atau kemungkinan muncul hasil false positive dan false negative. Di ranah dunia riset medis internasional termasuk di laboratorium teknologi sensor tempat saya bekerja, jenis-jenis POCT (point of care technology) ini sudah ada dan beberapa juga sedang dikerjakan. Adapun opsi solusi tepatnya adalah sebagai berikut:
Pertama, mendeteksi protein virus yang berikatan dengan RNA-aptamer. Seperti yang pernah dikembangkan oleh Dae-Gyun Ahn, dan kawan-kawan dari Department of Biotechnology, Yonsei University, Seoul, Republic of Korea. Pada tahun 2009 mereka menemukan deteksi “protein N” oleh chip aptamer nanoarray dengan tingkat kesensitifan 2 pg/mL.
Selain itu, tahun lalu para ilmuwan memakai aptamer rapid test untuk mendeteksi virus flu burung (H5N1) dan HIV-1. Tentu tehnik ini juga dapat diterapkan dalam pembuatan rapid test virus corona (SARS-CoV-2). Menurut Jurnal of Frontiers Microbiology (2019) Vol. 10, No. 1462 mengungkap bahwa dibandingkan dengan metode deteksi lainnya, aptasensor ini cepat, akurat, dan juga portabel, meskipun sensitivitasnya tetap lebih rendah daripada metode PCR.
Kedua, mendesain strain DNA virus corona atau Covid-19 primers dan difabrikasi di dalam strip Lateral-Flow Assay (LFA) dengan konsep Recombinase Polimerase Amplification (RPA). Kalangan peneliti menyebutnya LFA-RPA atau ada juga yang dibalik menjadi RPA-LFA. Teknologi ini pada dasarnya serupa RT-PCR konvensional dan real-time kuantitatif (q) PCR, tapi semua reaksi dikondisikan dalam bentuk strip.
Primer RPA dan probe LF dirancang dengan menargetkan gen spesifik, lalu produk amplifikasi dapat divisualisasikan pada LFA. Biasanya reaksi amplifikasi dilakukan pada 38 °C selama 20 menit dan waktu inkubasi LFA dalam 5 menit. RPA yang dikombinasikan dengan uji LFA ini barangkali memberikan alternatif rapid test lain yang cepat dan sensitif untuk diagnosis wabah infeksi virus corona. Sampai saat ini teknologi rapid test RPA-LFA sudah dikembangkan untuk mendeteksi bovine ephemeral fever virus (BEFV), hepatitis, demam berdarah, dan malaria.
Ketiga, menggunakan teknologi terkini yaitu CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats). CRISPR memperoleh popularitas sebagai alat pengeditan genom setelah kemunculannya pada tahun 2015, tetapi para peneliti akhir-akhir ini baru menyadari potensinya dalam diagnostik penyakit. Mekanisme CRISPR bergantung pada panduan RNA yang menemukan urutan target pelengkap dan Cas9 yang biasa digunakan memotong di lokasi yang tepat. Menariknya, berkat penelitian tentang nukleasi Cas alternatif, fungsionalitas CRISPR sebagai pencari lokasi, dan bukan alat pembelahan khusus lokasi, telah muncul dalam beberapa tahun terakhir.
Di dunia ini ada dua perusahan bernama Sherlock Biosciences dan Mammoth Biosciences, yang masing-masing dirintis oleh Feng Zhang dan Jennifer Doudna. Keduanya adalah pelopor teknologi pengeditan CRISPR-Cas yang sekarang tengah mengembangkan ke arah rapid test POC SARS-CoV-2.
Pada tahun 2017, Feng Zhang bersama kelompok risetnya pertama kali melaporkan teknik deteksi asam nukleat berbasis CRISPR yang disebut SHERLOCK (Specific High sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing). Setelah menyempurnakannya selama bertahun-tahun, mereka menerbitkan protokol untuk menggunakan SHERLOCK untuk deteksi sensitif asam nukleat pada tahun 2019. Dalam protokol terbaru yang telah dimuat di Journal Nature, Zhang dan tim menargetkan dua gen di antaranya adalah gen S dan Orf1ab dari genom Covid-19. Meskipun dalam tes pembuktian prinsip ini, mereka baru menggunakan fragmen RNA virus Covid-19 sintetis.
Sedangkan di tahun 2018, pendiri Mammoth Biosciences Jennifer Doudna melaporkan metode baru bernama DETECTR (DNA endonuclease-targeted CRISPR trans reporter), untuk mendeteksi DNA secara sensitif menggunakan Cas12a. Bulan Februari 2019, Mammoth Biosciences menerbitkan laporan tentang bagaimana platform DETECTR dapat diadaptasi untuk mendeteksi SARS-CoV-2 RNA dalam waktu sekitar lebih cepat 30 menit dibanding SHERLOCK dengan hasil yang akurat.
Sembari tahap pengembangan tes menggunakan platform SHERLOCK dan DETECTR, kedua perusahaan perlu mengakses sampel asli virus corona dan menemukan mitra yang tepat untuk mendapatkan izin dari FDA tahun ini. Tahap selanjutnya, mereka akan merancang tes COVID-19 berdasarkan urutan virus yang sudah dipublikasikan.
Keunggulan dibanding rapid test yang menggunakan antibody, tentu selain sensitifitas dan keakuratan yang lebih tinggi, yang paling penting adalah metode yang saya tawarkan di atas dapat menghindari hasil dengan false positive maupun false negative, lebih selektif serta tidak teinterferensi oleh target lain (cross reactivity). Sehingga pasti akan lebih hemat biaya dan efisiensi waktu karena kemungkinan kecil dilakukan tes kembali.
Dalam metode ini, sampel pasien yang dipakai sebagai bahan uji tes molekuler ini didapatkankan dari swab hidung (nasal) dan tenggorokan (faring) yang sebelumnya diberikan perlakuan (pre-tretment) khusus. Keakuratan deteksi cepat virus corona sangat diperlukan untuk identifikasi awal pasien yang terinfeksi. Dengan harapan dapat segera melakukan penanggulangan dan wabah tidak terus menyebar mengakibatkan jumlah pasien meningkat drastis melebihi sejarah wabah pandemi virus SARS, ebola, MERS, flu babi, dan flu burung.
Lekaslah sehat wahai bumiku. Semua akan segera usai!
